Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehakiman dan Hak Asasi Manusia Nomor, A2.202.KP.04.04/2001, tanggal 25 Januari 2001 tentang alih tugas dan pengangkatan Pejabat Stuktural maka Kepala Kantor Wilayah Departemen Kehakiman dan Hak Asasi Manusia melantik Karupbasan Klas I Kendari pada tanggal 29 maret 2001, yang selanjutnya disusul dengan pelantikan pejabat struktural lainnya pada tanggal 11 juni 2001 oleh Karupbasan klas I Kendari.

Maka Rupbasan Klas I Kendari dinyatakan berdiri sebagai Unit Pelaksana Teknis dalam jajaran Kantor Wilayah Departemen Hukum dan Hak Asasi Manusia Sulawesi Tenggara, namun karena belum disertai anggaran operasional serta fasilitas pendukung lainnya, maka Rupbasan Klas I Kendari masih menempati satu ruangan pada Kantor Wilayah Departemen Kehakiman dan Hak asasi Manusia Sulawesi Tenggara.

Keseriusan Menteri Kehakiman dan Hak Asasi Manusia RI tentang keberadaan Rupbasan di Kendari, ternyata disambut baik oleh gubernur Sulawesi Tenggara dengan pemberian sebidang tanah seluas 10.000 m2 melalui Surat Keputusan Gubernur Sulawesi Tenggara Nomor 269 Tahun 2003 tanggal 19 Juli 2003, tentang Lokasi Pembangunan Rumah Penyimpanan Benda Sitaan Negara Klas I Kendari di Areal Perkantoran Bumi Praja Anduonohu Kantor Gubernur Sulawesi Tenggara.

Sejak tahun 2003 sampai 2006 mulai dibangun sarana fisik berupa gedung kantor barlantai 2 (dua), gudang Umum,Gudang terbuka, gudang berharga, dan gudang berbahaya. Semua bangunan gudang basan dan baran tersebut didirikan diatas tanah Rupbasan yang mempunyai tembok keliling. Kantor Rupbasan Klas I Kendari resmi ditempati dan mulai beroperasi pada tanggal 29 Agustus 2005.